Biserica Neagră de astăzi se înalţă pe locul unei biserici romanice mai vechi din secolul al XIII-lea. Construcţia ei a început în anul 1383, când Braşovul se afla într-o perioadă de dezvoltare culturală şi economică puternică, fiind cel mai însemnat oraş comercial şi industrial la graniţa dintre apus şi răsărit.

La jumătatea secolului al XVI-lea, reforma bisericească a pătruns în Transilvania şi s-a răspândit în mare parte datorită umanistului şi pedagogului Johannes Honterus (1498-1549). În 1542 s-a celebrat prima slujbă evanghelică în Biserica Neagră, iar în timpul aceleiaşi mişcări s-au îndepărtat şi altarele secundare.

De-a lungul secolelor XVI-XVII biserica a fost afectată de multe cutremure astfel încât, la jumătatea secolului al XVII-lea, a fost nevoie de lucrări de restaurare.

Marele incendiu din 21 aprilie 1689 a cuprins şi biserica parohială, distrugând acoperişul şi mobilierul din interior. De atunci, ruina înnegrită de fum s-a numit Biserica Neagră. Apoi au început lucrări de renovare extinse care au conferit interiorului un aspect baroc. Tot în această perioadă s-au construit şi galeriile pentru ca biserica să poată face faţă numărului tot mai mare de enoriaşi care luau parte la slujbe. Lucrările au fost încheiate în 1722, odată cu noua inaugurare.

Între anii 1836 şi 1839, firma berlineză Buchholz înalţă pe galeria vestică o orgă nouă de dimesiuni mari (aproximativ 4000 de tuburi, 4 manuale şi pedalier, 76 de registre).

Între 1865 şi 1866, firma vieneză Schönthaler ridică altarul neogotic după planurile inginerului din localitate, Peter Bartesch, şi realizează stranele din cor. În anul 1898, statuia lui Honterus se amplasează în faţa turnului sudic, în amintirea reformatorului transilvănean.

După Primul Război Mondial, galeria pentru orgă a fost extinsă şi s-a consolidat bolta corului. Mai târziu au fost refăcute şi fialele contraforturilor din cor.